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生命科学系データベースアーカイブ
データベースアーカイブ説明図

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生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明(メタデータ)を統一して検索 を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです (詳細説明)。

データを長期にわたり保全し、データベース作成者のクレジットを明示する一方、公的機関や民間等様々なユーザが利用しやすい形にすることで、それぞれの研究の生命科学へのいっそうの貢献を支援します。 データベースの寄託を随時募集しています(寄託応募要領)。

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  データベース データベース運用場所 代表者 データベースカテゴリ 生物種 要約(キーワードを太字表示) 利用許諾
  データベース データベース運用場所 代表者 データベースカテゴリ 生物種 要約(キーワードを太字表示) 利用許諾
NBDC NikkajiRDF NBDC NikkajiRDF 科学技術振興機構外部リンク - 化合物 - 日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース CC 表示
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メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット 広島大学 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 坊農 秀雅 RNA配列データベース - Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセット CC 表示
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jPOSTデータベース jPOSTデータベース jPOSTチーム 石濱 泰 プロテオミクス - jPOSTデータベースは、jPOSTリポジトリに登録されたプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです CC0
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LigandBox LigandBox 次世代天然物化学技術研究組合外部リンク 福西 快文 構造データベース-低分子 - 計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベース CC 表示-継承
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ChemTHEATRE ChemTHEATRE 愛媛大学 沿岸環境科学研究センター外部リンク 仲山 慶 化学物質のモニタリングデータ - ChemTHEATREは、環境中の化学物質のモニタリング結果を集めたデータベースです。 CC 表示-継承
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KEGG MEDICUS KEGG MEDICUS 京都大学化学研究所金久研究室外部リンク 金久 實 疾患、薬剤 ヒト 疾患医薬品環境物質などのデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベース CC 表示-継承
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RefEx RefEx ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 小野 浩雅 遺伝子発現 ヒト・マウス・ラット 4種類の測定方法による各組織における遺伝子発現状況の数値データのデータベース CC 表示
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核酸医薬品データベース 核酸医薬品データベース 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター外部リンク 福井 一彦 核酸医薬品 - バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の承認薬や、臨床試験における治験段階の情報をまとめたデータベース CC 表示-継承
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jPOSTリポジトリ jPOSTリポジトリ jPOSTチーム 石濱 泰 プロテオミクス - 質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ CC0
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SPD SPD 農研機構外部リンク 小松 節子 プロテオミクス関連 Glycine max 浸水ストレス下のダイズから得られたプロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームのデータベース CC 表示-継承
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カイコ参照トランスクリプトームデータ カイコ参照トランスクリプトームデータ - 横井 翔 マイクロアレイデータ関連 Bombyx mori カイコの新規参照ゲノム配列とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データ CC 表示-継承
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GGGenome dataset GGGenome dataset





データベース
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Yeast Interacting Proteins Database Yeast Interacting Proteins Database 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻外部リンク 伊藤 隆司 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 酵母 Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース CC 表示-継承
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) 東京大学 医科学研究所外部リンク 宮野 悟 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ ヒト、哺乳類 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース CC 表示-継承
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Arabidopsis thaliana EST index Arabidopsis thaliana EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA シロイヌナズナ シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Chlamydomonas reinhardtii EST index Chlamydomonas reinhardtii EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA クラミドモナス クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Lotus japonicusEST index Lotus japonicusEST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ミヤコグサ ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Trifolium pratense EST index Trifolium pratense EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ムラサキツメクサ ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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生命科学系データベースカタログ 生命科学系データベースカタログ バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ - 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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生命科学系学協会カタログ 生命科学系学協会カタログ バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ - 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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施設名辞書 施設名辞書 ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 - 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 CC 表示-継承
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遺伝子名称シソーラス 遺伝子名称シソーラス ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌) 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 CC 表示-継承
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